Sejak kebelakangan ini Empangan Bekok telah didapati sedang diamcam oleh masalah pemendapan daripada salah sebuah sungai yang membekalkan air kepadanya. Implikasi yang timbul ekoran daripada masalah ini ialah takungan menjadi semakin cetek dan isipadu takungan menjadi kurang. Ini akan menjejaskan operasi perbekalan air kepada pengguna. Kajian telah dijalankan di kawasan bekenaan dengan menggunakan kaedah pengukuran hidrografi bagi mendapatkan isipadu air pada waktu cerapan dilakukan. Sebanyak dua cerapan telah dijalankan padasela masa lima setengah bulan untuk mendapatkan perbezaan isipadu air. Daripada perbezaan ini, pertambahan bahan endapan dapat diketahui. Berdasarkan hasil yang diperolehi, beberapa cadangan telah diajukan kepada pihak-pihak yang terlibat dengan masalah ini supaya langkah-lanbgkah alternatif dapat diambil bagi memanjangkan tempoh hayat empangan tersebut.