Tiada negara yang boleh lari daripada masalah yang berkaitan dengan air, merujuk kepada hakikat diatas tiada pengecualian diberikan kepada lebuhraya Utara Selatan di Seberang Perai. Satu kajian penilaian awal telah dijalankan untuk menentukan kesan banjir ke atas regim hidrologi akibat daripada pembinaan lebuhraya berkenaan. Projek ini bertujuan untuk mengenalpasti samada masalah banjir di kawasan ini berpunca daripada pembinaan lebuhraya tersebut atau sebaliknya. Jika pembinaan lebuhraya telah mengakibatkan kawasan banjir, sejauh mana kesan yang diakibatkan akan diketahui untuk penilaian seterusnya. Berdasarkan data tahunan banjir yang telah diperolehi daripada Jabatan Pengairan dan Saliran dan Projek Pembangunan Pertanian Bersepadu Pulau Pinang, satu perbandingan dibuat keatas kawasan banjir sebelum dan selepas pembinaan lebuhraya ini. Hasil analisis menunjukkan terdapat kawasan yang menerima kesan secara lengsung akibat pembinaan lebuhraya berkenaan. Daripada kawasan yang dikenalpasti melalui analisis, penekanan akan ditumpukan kepada faktor-faktor yang menyebabkan banjir terjadi. Justeru itu, berbagai langkah-langkah kawalan yang digunakan akan dibancangkan untuk menilai kesesuaian dan keupayaannya.