Sistem pengolahan effluen (SPE) adalah sistem yang perlu diadakan oleh setiap industri pembuatan atau pemprosesan yang melibatkan pengeluaran effluen. Tujuan sistem ini adalah untuk memastikan agar effluen yang dilepaskan oleh industri menepati piawaian Jabatan Alam Sekitar dan seterusnya tidak mencemarkan kualiti air sungai yang terbabit. Bergantung kepada ciri-ciri airsisa yang dihasilkan, pelbagai kaedah rawatan boleh digunakan di dalam SPE. Ini termasuklah kaedah biologi seperti enapcemar teraktif, SBR dan kolam anaerobik dan kaedah kimia-fizikal seperti peneutralan, penjeraoan karbon, dan pengoksidaan kimia. Kaedah-kaedah ini mempunyai peranan dan keberkesanan berbeza-beza di dalam mengolah airsisa kepada tahap yang dikehendaki. Di negara ini, walaupun SPE digunakan dalam mengolah airsisa induatri pemprosesan atau pembuatan, tetapi piawai parameternya masih boleh dipertikaikan. Oleh itu, satu kajian kes telah dijalankan terhadap SPE industri pembuatan kertas dan kotakuntuk menilai keberkesanan SPE yang sedia ada. Kesesuaian melaksanakan skim peminimaan airsisa dan masalah dalam pengurusan SPE juga telah dikenalpasti.Berdasarkan analisis yang telah dibuat, data menunjukkan bahawa SPE bagi ekdua-dua industri percetakan adalah berkesan, tetapi ianya masih lagi tidak dapat memenuhi piawai yang dikehendaki oleh pihak JAS. Masalah utama Di dalam SPE ini adalah dari segi pengurusan dan pengetahuan terhadap SPE yang digunakan. Skim pemimimaan yang boleh dijalankan adalah aktiviti-aktiviti yang dpat mengurangkan isipadu, kekuatan dan keracunan sisa dari indurtri pembuatan.